在蛋白質分離器內部，通過循環水（shuǐ）泵與文丘裏射流器的聯合作（zuò）用，產生了大量的微氣（qì）泡。在水、氣、粒三相混合的體（tǐ）係中，不（bú）同介質的表麵（miàn）都因為受力不平衡而存在界麵張力，當微氣泡與固體懸浮顆粒接觸時，由於表麵張力的作用就會產（chǎn）生（shēng）吸附作用。

蛋白（bái）質分離器微氣泡向上（shàng）運動時，同時向下運動的水流充分混合，水中的懸浮顆粒和膠質(主要是養殖生物的殘餌以及排（pái）泄物等有機物)便附著在微氣泡表麵。造成密度小於水（shuǐ）的狀態，利用浮力原（yuán）理使（shǐ）其隨氣泡向上運動，並聚積在上部（bù）水麵，隨著微氣泡的不斷產生，聚積的氣（qì）泡便不斷被（bèi）推積到頂部（bù）的收集杯中被排出。

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